Universiteto rektoratas yra rektoriaus vadovaujama kolegiali patariamoji institucija. Rektoratą sudaro rektorius, prorektoriai, fakultetų dekanai, institutų direktoriai ir Studentų atstovybės deleguoti nariai. Rektorato posėdžiuose dalyvauja Teisės ir etikos kolegijos pirmininkas, Senato pirmininkas, o rektoriaus sutikimu ar kvietimu - ir kiti asmenys.

Rektoratas svarsto ir priima nutarimus organizaciniais studijų, mokslo, ūkio ir kitais klausimais, koordinuoja Universiteto padalinių darbą, teikia pasiūlymus Senatui ir įgyvendina jo priimtus nutarimus. Rektoratas posėdžiauja ne rečiau kaip kartą per mėnesį. Posėdžio darbotvarkę nustato rektorius. Rektorato posėdžiuose:

  1. aptariami konkretūs Universiteto gyvenimo klausimai, numatomi jų sprendimo būdai, priimami nutarimai;
  2. atsiskaitoma dėl anksčiau priimtų nutarimų įgyvendinimo;
  3. pateikiama informacija apie svarbius Universiteto gyvenimo klausimus.