2013 m. birželio mėn. 5 d. Šiaulių universiteto senatas nutarė reorganizuoti Matematikos ir informatikos fakultetą, Nuotolinių studijų centrą, Informacinių sistemų tarnybą ir įsteigti Informatikos, matematikos, e. studijų institutą.

Iki šiol veikęs Matematikos ir informatikos fakultetas buvo įkurtas 2005 m. liepos 1 d. padalijus Fizikos, matematikos ir informatikos fakultetą (įsteigtas 1954 m.) į du – Matematikos ir informatikos ir Gamtos mokslų fakultetus.

Institute šiuo metu yra trys katedros: Kompiuterių sistemų, Matematikos ir Programų sistemų.

Šiaulių universiteto Matematikos katedra jau keturis dešimtmečius (nuo 1970 metų) kasmet organizuoja Jaunųjų matematikų varžybas IX–XII klasių mokiniams. Kiekvienais metais susirenka apie 500 mokinių iš maždaug 30 rajonų. 1997 m. įkurta Jaunųjų kompiuterininkų mokykla, į kurią priimami 10-tų klasių moksleiviai. Jiems sudaromos sąlygos pasirengti tapti programuotojais, grafikos dizaineriais, tinklalapių kūrėjais. Moksleiviams tai galimybė pasinerti į gilesnes mėgstamo dalyko studijas, dėstytojams ir universitetui – tai lyg „nulinis“ būsimų informatikos specialistų kursas. Į mokyklos pirmąjį kursą susirenka jaunuoliai iš įvairių Lietuvos miestų ir miestelių – Šiaulių, Kelmės, Mažeikų, Naujosios Akmenės, Radviliškio bei kitų. Po metų šie moksleiviai, pereidami į aukštesnį kursą, renkasi vieną iš pasiūlytų specializacijų. Kasmet, kai mokyklą baigia vyresnysis kursas, JKM papildo gausus būrys įstojusių dešimtokų.

Institute intensyviai vykdoma mokslinė veikla. Institute vyksta moksliniai seminarai. Pranešimus skaito fakulteto dėstytojai, doktorantai ir svečiai iš kitų Lietuvos bei užsienio mokslo institucijų.

Nuo 1998 m. leidžiamas žurnalas „Šiauliai Mathematical Seminar“ (iki 2006 m. jis buvo vadinamas „Fizikos ir matematikos fakulteto mokslinio seminaro darbai"). Tai – recenzuojamas ir referuojamas tarptautinėse duomenų bazėse leidinys. Redaktorių kolegijos nariai yra ne tik Lietuvos, bet ir užsienio šalių matematikai. Vyriausias redaktorius – prof. habil. dr. A. Laurinčikas, vykdančioji redaktorė – prof. dr. R. Kačinskaitė. Straipsniai, publikuojami žurnale, apima įvairias matematikos krypties šakas. 

2008 m. rugpjūčio 11–15 d. Matematikos ir informatikos fakultete įvyko tarptautinė skaičių teorijos konferencija skirta prof. habil. dr. Antano Laurinčiko 60-mečiui. Šioje konferencijoje dalyvavo mokslininkai iš Baltarusijos, Čekijos, Rusijos, Suomijos Švedijos, Estijos, Norvegijos, Vokietijos, Lenkijos, JAV, Japonijos, Vengrijos, Airijos.

2010 m. birželio 17–18 d. Šiaulių universiteto Matematikos ir informatikos fakultete organizuota Lietuvos matematikų draugijos LI konferencija, kurioje pristatyti 145 pranešimai, o dalyvavo 171 mokslininkas.

Kiekvienas metais fakultete studijas išleisdavo apie 80 studentų, kurie įgijo matematikos, informatikos bakalauro ar magistro kvalifikacinį laipsnį, kai kuriems jų suteikta mokytojo profesinė kvalifikacija. Fakulteto absolventai dirba prestižinėse valstybinėse arba privataus verslo institucijose, kai kurie pradeda savo verslą.

Fakulteto absolventės dr. Rasos Steuding (buvusi Šleževičienė), Wiesbaden'o (Vokietija) aukštosios mokyklos Dizaino-Informatikos-Medijų fakulteto mokslo darbuotojos, pasisakymas: 
„1996 metais baigiau Šiaulių pedagoginio instituto (dabar Šiaulių universiteto) Matematikos ir informatikos studijų programą ir įgijau matematikos mokslų bakalauro laipsnį bei matematikos ir informatikos mokytojo kvalifikaciją. Po metų tęsiau studijas Matematikos magistrantūroje, 1999 metais man buvo suteiktas socialinių mokslų magistro laipsnis bei gimnazijos matematikos mokytojo kvalifikacija. Bakalauro ir magistro studijų metu įgytas išsilavinimas suteikė galimybę tęsti mokslinius tyrimus Vilniaus universitete Matematikos krypties doktorantūroje, ją sėkmingai baigiau 2002 metais apgindama fizinių mokslų (matematikos) disertaciją "Rymano ir kitų dzeta funkcijų daugiamatės ribinės teoremos ir universalumas". Manau, kad studijos Šiaulių universitete gerai parengė ir pedagoginiam darbui."