Doktorantūros paskirtis – rengti mokslininkus, gebančius savarankiškai atlikti mokslinių tyrimų ir eksperimentinės (socialinės, kultūrinės) plėtros darbus bei spręsti mokslo problemas. Doktorantūra ją baigusiam ir mokslo daktaro laipsnį įgijusiam asmeniui turi užtikrinti pakankamą kompetenciją: pažangiausių tiriamojo darbo, mokslo sričių ir jų sąveikos žinių; specializuotų gebėjimų bei metodikų mokslinių tyrimų ir kitų sričių problemoms spręsti, turimoms žinioms ar profesinei praktikai plėsti; gebėjimą dirbti savarankiškai, mokslo ir profesijos išmanymą naujoms idėjoms ar procesams kurti bei panaudoti studijose ir kitoje veikloje.

 2011 m. birželio 8 d. Švietimo ir mokslo ministro įsakymu Šiaulių universitetui suteiktos teisės vykdyti kartu su kitomis institucijomis doktorantūros studijas. Socialinių mokslų fakultete doktorantūros studijos vykdomos dviejose mokslo kryptyse: ekonomikos bei vadybos ir administravimo.

Ekonomikos mokslo krypties doktorantūra vykdoma kartu su ISM Ekonomikos ir vadybos universitetu, Aleksandro Stulginskio universitetu, Mykolo Riomerio universitetu ir Vytauto Didžiojo universitetu.

Vadybos ir administravimo mokslo krypties doktorantūra vykdoma kartu su Vytauto Didžiojo universitetu, Mykolo Riomerio universitetu, Klaipėdos universitetu, Aleksandro Stulginskio universitetu.